Genomikai/szekvenáló laboratórium
A Genomikai laboratóriumban a genomikai és funkcionális genomikai vizsgálatokhoz egy Illumina MiSeq új generációs (NGS)
DNS szekvenáló berendezés, valamint számos kisegítő műszer áll rendelkezésre.
A MiSeq a piacvezető Illumina cég leghosszabb szekvenálási reakciókat (2x300 nukleotid) biztosító berendezése,
maximális kapacitása futásonként 15 Gb.
A MiSeq támogatja a kétoldalról történő (paired-end) szekvenálást, a szekvenáló reagens megválasztásával a leolvasások száma (1M - 25M leolvasás / futás) és hossza (2x50 - 2x300 nukleotid / leolvasás) az adott alkalmazásnak megfelelően széles körben változtatható.
A MiSeq platform számos genomikai ill. funkcionális genomikai alkalmazásra ad lehetőséget, mint például:
- de novo bakteriális genom szekvenálás
- célzott újraszekvenálás
- metagenomika (16S amplikon szekvenálás)
- SNP analízis
- transzkriptomika (RNA-seq)
- miRNS analízis
- ChIP-seq
A laboratórium további kiegészítő műszerei:
- Covaris M220 ultraszonikátor
- Agilent Bioanalyzer 2100 kapilláris gélelektroforézis készülék
- Thermo Scientific PikoReal 96 és ABI 7500 real-time PCR gépek
- Qubit 2.0 fluorométer
- NanoDrop spektrofotométer
- SciGene Hybex Microsample Incubator
- Biosan MPS-1 Multiplate shaker
- Biosan UVT-B-AR PCR kabinet
Amennyiben érdeklődik a szekvenáló laboratórium szolgáltatásai iránt (akár kooperációs kutatás, akár szolgáltatás formájában), kérjük forduljon Dr Bodai Lászlóhoz.
Referenciák:
Genetic, epigenetic and transcriptional comparison of esophagus tumor-associated and adjacent normal myofibroblasts.
Huliák I, Bodai L, Czepán M, Kovács D, Szabó A, Tiszlavicz L, Lázár G, Rakonczay Z Jr, Hegyi P, Boros IM, Kiricsi M.
Oncol Rep. 2019. 41(2):839-852. doi: 10.3892/or.2018.6909.
Echinocandin-Induced Microevolution of Candida parapsilosis Influences Virulence and Abiotic Stress Tolerance.
Papp C, Kocsis K, Tóth R, Bodai L, Willis JR, Ksiezopolska E, Lozoya-Pérez NE, Vágvölgyi C, Mora Montes H, Gabaldón T, Nosanchuk JD, Gácser A.
mSphere. 2018. 3(6). pii: e00547-18. doi: 10.1128/mSphere.00547-18.
Drosophila small ovary gene is required for transposon silencing and heterochromatin organisation and ensures germline stem cell maintenance and differentiation.
Jankovics F, Bence M, Sinka R, Faragó A, Bodai L, Pettkó-Szandtner A, Ibrahim K, Takács Z, Szarka-Kovács AB, Erdélyi M.
Development. 2018. pii: dev.170639. doi: 10.1242/dev.170639.
Analysis of Drosophila melanogaster testis transcriptome.
Vedelek V, Bodai L, Grézal G, Kovács B, Boros IM, Laurinyecz B, Sinka R.
BMC Genomics. 2018. 19(1):697. doi: 10.1186/s12864-018-5085-z.
Eicosanoid biosynthesis influences the virulence of Candida parapsilosis.
Chakraborty T, Thuer E, Heijink M, Tóth R, Bodai L, Vágvölgyi C, Giera M, Gabaldón T, Gácser A.
Virulence. 2018. 9(1):1019-1035. doi: 10.1080/21505594.2018.1475797.
Szegedi Tudományegyetem, Biokémiai és Molekuláris Biológiai Tanszék
2013-2019.
|
